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Text File  |  1996-03-18  |  4KB  |  116 lines
  1. Name of the SS-bonded atom.
  2.  
  3. Name of the third next atom.
  4.  
  5. Name of the second next atom.
  6.  
  7. Name of the first next atom.
  8.  
  9. Name of the preceding atom.
  10.  
  11. Name of the atom preceding the preceding atom.
  12.  
  13. Charge.
  14. Can be edited.
  15.  
  16. Temperature factor.
  17. Can be edited.
  18.  
  19. Occupation factor.
  20. Can be edited.
  21.  
  22. Atom torsion angle (formed by the 3 preceding atoms).
  23. Can be edited. To see the effect click on 'Apply Changes to Structure'.
  24.  
  25. Atom bond angle (formed by the 2 preceding atoms).
  26. Can be edited. To see the effect click on 'Apply Changes to Structure'.
  27.  
  28. Atom bond length (distance to the preceding atom).
  29. Can be edited. To see the effect click on 'Apply Changes to Structure'.
  30.  
  31. z-coordinate.
  32.  
  33. y-coordinate.
  34.  
  35. x-coordinate
  36.  
  37. (Private use).
  38.  
  39. Number of this atom.
  40.  
  41. Will draw regions in the Ramachandran plot.
  42.  
  43. If checked, will draw regions in the Ramachandran plot.
  44.  
  45. All the residues which don't belong to the selected residue types will be included in the Ramachandran plot.
  46.  
  47. If checked, all the residues which don't belong to the selected residue types will be included in the Ramachandran plot.
  48.  
  49. Only the selected residue types will be included in the Ramachandran plot.
  50.  
  51. If checked, only the selected residue types will be included in the Ramachandran plot.
  52.  
  53. Will creates a Ramachandran plot of the current structure or of all the structures located in the 'Batch Fldr'. Try clicking on a point of this RamPlot with the Option key down.
  54.  
  55. If checked, will create a Ramachandran plot of the current structure or of all the structures located in the 'Batch Fldr'. Try clicking on a point of this RamPlot with the Option key down.
  56.  
  57. Will create an hydrogen bond plot.
  58. Try clicking on the points of this plot.
  59.  
  60. If checked, will create an hydrogen bond plot.
  61. Try clicking on the points of this plot.
  62.  
  63. Will create a disulfide bond plot.
  64. Try clicking on the points of this plot.
  65.  
  66. If checked, will create a disulfide bond plot.
  67. Try clicking on the points of this plot.
  68.  
  69. Not available now because the 'Current' structure has been checked and there is no SS-bond in it.
  70.  
  71. If checked, will create a disulfide bond plot.
  72. Try clicking on the points of this plot.
  73.  
  74. Will create torsion angle histograms on 'Batch' operations; if 'Current' has been checked, results will be reported in the Report window.
  75.  
  76. If checked, will create torsion angle histograms on 'Batch' operations; if 'Current' has been checked, results will be reported in the Report window.
  77.  
  78. Will create bond angle histograms on 'Batch' operations; if 'Current' has been checked, results will be reported in the Report window.
  79.  
  80. If checked, will create bond angle histograms on 'Batch' operations; if 'Current' has been checked, results will be reported in the Report window.
  81.  
  82. Will create bond length histograms on 'Batch' operations; if 'Current' has been checked, results will be reported in the Report window.
  83.  
  84. If checked, will create bond length histograms on 'Batch' operations; if 'Current' has been checked, results will be reported in the Report window.
  85.  
  86. Selected residue types.
  87.  
  88. Will perform operations on selected residue types.
  89.  
  90. If clicked, will perform operations on selected residue types.
  91.  
  92. Will perform operations on all residue types.
  93.  
  94. If clicked, will perform operations on all residue types.
  95.  
  96. Will perform operations on batch structures located in the 'Batch Fldr'.
  97.  
  98. If clicked, will perform operations on batch structures located in the 'Batch Fldr'.
  99.  
  100. Will perform operations on the current structure.
  101.  
  102. If clicked, will perform operations on the current structure.
  103.  
  104. Not available because there is no current structure.
  105.  
  106. If clicked, will perform operations on the current structure.
  107.  
  108. This is an angular speed: 30¬∞/sec seems to be OK.
  109.  
  110. Number of frames composing the animation. This is limited by the available dynamic memory (up to a maximum of 360): 20 seems to be OK.
  111.  
  112. Angle in degree separating each frame: 2¬∞ seems to be a good value.
  113.  
  114. Creates and plays an animation of the current structure. On top of this, the animation is saved in memory and can be replayed later during the session.
  115.  
  116.